CHD@ZJU:冠心病网络药理学研究软件平台

 冠心病(Coronary Heart Disease,CHD)是冠状动脉性心脏病的简称,是一种涉及多基因、多途径的复杂性疾病,研究表明其病理发展过程可能涉及数百基因。仅大鼠基因组研究数据库(RGD)2013年已收录1000余个心血管系统疾病相关的基因,另一冠心病相关数据库CADgene也收集了约300个冠心病相关基因。这些冠心病信息数据库主要通过文献查询、meta分析等手段收录了和疾病发生密切相关的基因多态性信息,而这些基因及其对应表达产物在信号转导通路和整个生物系统中的功能相关性上的信息则相对较少。

        随着系统生物学、网络生物学等研究领域的兴起,相互作用组学(interactome)研究开始成为探索生物系统内相互关系的热门载体。通过分析基因在通路、疾病直至整个生物系统的相互作用组中的定位及其相互间的关联关系,能够更全面、系统地认知基因在疾病中的功能和作用。然而就作者所知,目前尚未见和冠心病疾病相互作用组相关数据库或知识库的报道。

 本研究通过对冠心病研究相关的文献进行知识挖掘,并采用人工文献验证的方法提取并发现冠心病相关的基因信息。进一步整合这些基因的信号通路信息、蛋白相互作用信息和药物-靶点关联信息,最终构建了冠心病网络生物学研究平台(CHD@ZJU)。在CHD@ZJU (V2.1)中,通过进一步人工阅读冠心病相关文献扩充基因信息,整合并更新其他公共数据库中的冠心病相关基因信息,目前CHD@ZJU共收录冠心病相关基因1000余个;同时对数据库内部的数据架构进行了优化,整合了来自于HPRD和BioGRID两大数据库的基因关联信息,改善了平台网站的运算和访问速度等。


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文章链接:http://database.oxfordjournals.org/content/2013/bat047